人事院は、国の本省勤務の国家公務員（一般職）のうち、課長補佐級以下を対象とした「本府省手当」を２００９年度に創設する方針を固めた。０６年度から実施している給与構造改革の一環として今夏の給与勧告に盛り込む。本省職員は、深夜に及ぶ国会対応や予算編成関連作業などで長時間の超過勤務が常態化。地方の出先機関に勤務する職員が中央府省への異動を敬遠する傾向が強くなっている。このため、本省に優秀な人材を集めることなどを目的に、課長補佐級で基本俸給の９．４％、係長級で４．０％、係員級で２．０％を、それぞれ支給する。 　本省では、国会対応や政策立案のため連日深夜に及ぶ超過勤務が常態化。特に資料作成などに従事する課長補佐級以下の職員ほど超勤時間が多く、月２００時間を超えることも珍しくないが、超勤時間に見合う超勤手当は支給されていないのが実態だ。こうした勤務実態の影響で、地方出先機関の若手職員らが本省への異動を嫌がる傾向が強くなっており、各府省は人材確保に苦慮している。 　新手当の創設に伴い、課長補佐級に基本俸給の９．４％分が支給されていた現行の特別調整手当額などは新手当に振り替える。係長級と係員分の財源は、給与構造改革に伴う俸給水準の引き下げ分から捻出（ねんしゅつ）する。 　また、新手当は役職段階や職務に応じた定額制とし、本省勤務の特殊性や人材確保に配慮した加算措置であるため、超過勤務手当や期末・勤勉手当などの算定基礎とはしない方針。 　しかし、職員組合側は「本省職員だけを優遇するもの」「超勤が多いなら残業代で支払うべきだ」などと主張して新手当の創設に反対している。
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